在怀孕期间进行亲子鉴定一直存在争议，主要原因是孕期的生理变化可能会对DNA提取和分析产生影响，同时从孕妇体内提取胎儿的DNA样本也对孕妇和胎儿都存在一定的风险。因此，一般情况下并不推荐在孕期进行亲子鉴定。然而，在一些特殊情况下，如父亲已经去世或不在场时，孕期亲子鉴定可能是唯一的选择。

在进行孕期亲子鉴定时，常见的问题包括孕妇生理变化对准确性的影响、从孕妇体内提取胎儿DNA样本的风险以及对孕妇和胎儿健康可能造成的不良影响。因此，在大多数情况下，推荐在孩子出生后再进行亲子鉴定，以避免这些问题。

如果确实需要在孕期进行亲子鉴定，可以选择无创亲子鉴定，这种方法通过分析孕妇血液中的胎儿自由DNA来进行亲子鉴定，既避免了对孕妇和胎儿的风险，也保证了准确性。无创亲子鉴定在一些特殊情况下可能是一个更安全的选择。

综上所述，孕期进行亲子鉴定是不推荐的，因为孕期的生理变化和对孕妇和胎儿的风险。大多数情况下，最好选择在孩子出生后再进行亲子鉴定。如果确实需要在孕期进行，可以选择无创亲子鉴定来降低风险。进行亲子鉴定时应该慎重考虑，确保为双方带来最大的利益。在任何情况下，保护孕妇和胎儿的健康是至关重要的。